根據抗原是否顯示免疫原性而區分抗原
（1）完全抗原：即免疫原。根據化學特性，免疫原性*強的是蛋白質抗原，多糖次之；脂類和核酸如果與蛋白質及多糖形成復合物，可顯示免疫原性。
（2）半抗原：因分子質量小僅具有抗體結合特異性，需和載體蛋白連接后方具有免疫原性。此時，半抗原激活B細胞，載體蛋白激活T細胞。換言之，對于半抗原―載體系統，B細胞表位和T細胞表位分別位于半抗原和載體分子。
根據B細胞產生抗體是否需要T細胞協助而區分抗原
（1）T細胞依賴性抗原（TD―Ag）：主要是蛋白質。此類抗原誘導B細胞產生抗體時，需有CD4Th2細胞參與。
（2）T細胞非依賴性抗原（TI-Ag）：主要是多糖和決定簇重復的線性抗原，可直接誘發B細胞分化，產生以IgM為主的抗體。
根據抗原和機體的親緣關系而區分抗原
（1）異種抗原：主要指來自不同物種的蛋白質抗原。如針對人體抗原的鼠源性單克隆抗體，一旦引入人體后，既可作為抗體和相應的抗原分子起作用，也可以誘發產生抗抗體，形成人抗鼠抗體（HAMA）反應。廣義而言，前面提到的病原體如細菌和病毒顯示的PAMP也是一種異種抗原，只是此類抗原一般不與抗體等免疫產物相結合，而是啟動炎癥反應清除病原體。
（2）同種異體抗原：典型者如AS（）血型抗原和組織相容性抗原，后者是引起移植物排斥的主要因素。
（3）自身抗原：正常情況下，免疫系統不對自身抗原產生免疫應答。病理情況下，自身反應性淋巴細胞大量激活并產生自身抗體，引起自身耐受崩潰。其中涉及一系列復雜的免疫生物學現象。
（4）嗜異性抗原（heterophilicantigen）：通常指人體某些組織與病原微生物特定成分之間所具有的共同抗原。如肺炎球菌與血型抗原之間、溶血性鏈球菌胞膜與腎小球基底膜和心肌組織之間，大腸桿菌成分與結腸膜之間可呈現交叉反應，表明存在共同的嗜異性抗原。闡明這些抗原的作用，對疾病的診斷和治療十分重要。
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