么是BLAST?
BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的統(tǒng)計(jì)說(shuō)明。
BLAST 采用一種局部的算法獲得兩個(gè)序列中具有相似性的序列。如果您想進(jìn)一步了解BLAST算法，您可以參考NCBI的BLAST Course ，該頁(yè)有BLAST算法的介紹。

BLAST功能是什么？
BLAST對(duì)一條或多條序列（可以是任何形式的序列）在一個(gè)或多個(gè)核酸或蛋白序列庫(kù)中進(jìn)行比對(duì)。BLAST還能發(fā)現(xiàn)具有缺口的能比對(duì)上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上發(fā)表的方法（J.Mol.Biol.215:403-410（1990））,在序列數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)查詢序列進(jìn)行同源性比對(duì)工作。從*初的BLAST發(fā)展到現(xiàn)在NCBI提供的BLAST2.0,已將有缺口的比對(duì) 序列也考慮在內(nèi)了。BLAST可處理任何數(shù)量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可選擇多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)但數(shù)據(jù)庫(kù)必須是同一類型的,即要么都是蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)要么都是核酸數(shù)據(jù)庫(kù)。所查詢的序列和調(diào)用的數(shù)據(jù)庫(kù)則可 以是任何形式的組合,既可以是核酸序列到蛋白庫(kù)中作查詢,也可以是蛋白序列到蛋白庫(kù)中作查詢,反之亦然。
GCG及EMBOSS等軟件包中包含有五種BLAST：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白），再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。

3、BLASTN是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。由于這種比對(duì)? 母叢有裕�因此TBLASTX在比對(duì)中對(duì)缺口不予以考慮。

通常根據(jù)查詢序列的類型（蛋白或核酸）來(lái)決定選用何種BLAST。假如是作核酸－核酸查詢，有兩種BLAST供選擇，通常默認(rèn)為BLASTN。如要用TBLASTX也可，但記住此時(shí)不考慮缺口。

BLAST適用于本地查詢。可以下載公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)于該數(shù)據(jù)庫(kù)的更新和維護(hù)是必不可少的。如果要直接到網(wǎng)上查詢也可以（即ＮetＢlast），但記住如果你認(rèn)為自己的序列很有價(jià)值的話，還是謹(jǐn)慎為好。

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